Zum Modelljahr 1991 erhält die FZR 600 ihre letzte Modellpflege. Doch anstelle umfassender Modifikationen wurde lediglich an Details Hand angelegt. Auffälligste Änderung zum Vorjahr ist die neue Frontverkleidung mit nun einem Scheinwerfer statt der zwei Bilux Rundscheinwerfer des 1989/90er Modells.
Am Motor ist nun ein außen liegender Ölfilter montiert, der gleichzeitig eine bessere Kühlung des Öls ermöglicht und den Ölkühler des Vorjahresmodells überflüssig macht. Die Neuerungen am Fahrwerk beschränken sich auf eine 0.5 Zoll breitere 4.00 Zoll Felge mit einem 140er Hinterreifen.
Ab 1994 wird die FZR 600 schließlich von der sportlicheren FZR 600 R mit stärkerem Motor und neuem Fahrwerk abgelöst.

Die Yamaha FZR 600 Genesis ist 1989 Yamaha's Ergänzung zur FZR 1000. Der 600 cm³ Supersportler besitzt einen flüssigkeitsgekühlten Vierzylinder Reihenmotor mit zwei obenliegenden Nockenwellen und leistet 91 PS. Alternativ konnte die FZR 600 als 27 PS Version (Typ 3RH) und 50 PS Version (Typ 3RG) geordert werden.
Das Fahrwerk der flotten 600er besteht aus einem Deltabox Rahmen, der allerdings nur wie Alu aussieht und aus lackierten Stahlprofilen gefertigt ist. Telegabel, Schwinge und Doppelscheibenbremsen entsprechen dem Stand der Technik.
Im Rahmen der ersten Modellpflege 1991 erhält die FZR 600 eine neue Frontverkleidung mit Einzelscheinwerfer sowie eine neue Deltabox-Hinterradschwinge. Für ein besseres Fahrverhalten wurde das Hinterrad breiter. Ein verstärktes Getriebe (1. und 2. Gang) und eine neue 4-Kolben Bremsanlage runden die Modifikationen ab.